Родился в Москве 9 (21) июля 1847 года в семье чиновника. Рано остался без родителей. До поступления в 1865 году на медицинский факультет Московского университета учился в штурманском училище, ходил на фрегате «Смелый» матросом.
В 1870 году Снегирёв окончил университетский курс, а в 1873 году получил степень доктора медицины за диссертацию «Об определении и лечении позадиматочного кровоизлияния».
С 1884 года экстраординарный профессор, затем ординарный профессор (1896–1916) кафедры акушерства, женских и детских болезней с клиникою медицинского факультета Московского университета.
В 1896 году Владимир Фёдорович Снегирёв организовал и стал первым директором первого института для усовершенствования гинекологов. По инициативе Снегирёва гинекологию стали преподавать как самостоятельную дисциплину. По его же инициативе была открыта первая гинекологическая клиника (1889) и гинекологический институт для усовершенствования врачей (1896), руководителем которого он состоял до конца жизни.
Заслуженный профессор Московского университета (1899). Почётный член Московского университета (1916).
Жил на Плющихе; его дом на Девичьем поле признан памятником культурного наследия федерального значения.
В. Ф. Снегирёв создал крупную школу гинекологов (А. П. Губарев и др.). Для школы Снегирёва характерно рассмотрение гинекологических болезней как заболеваний всего организма, в его связи с окружающей средой, а не как обособленных заболеваний половой системы.
Основной вклад Снегирёва в области оперативной гинекологии заключается в разработке ряда новых методов удаления яичников и матки, фиксации влагалища при его опущении и выпадении и т. п., а так же лечения пороков развития женских половых органов, таких как операция при двойной матке и двойном влагалище и пр. Снегирёв написал получившее мировое признание и первое в России фундаментальное руководство по гинекологии «Маточные кровотечения», изданное в 1884 году. Врачи называют этот труд «энциклопедией гинекологии». Он также ввёл в медицинскую практику использование пара как кровоостанавливающего средства при операциях на богатых кровью органах, например печени.
Прошло десять лѣтъ съ изданія «Маточныхъ кровотеченій». Въ свое время книга принесла извѣстную пользу, и потребность во 2-мъ изданіи уже сказалась черезъ годъ. Но такъ какъ въ это время преступлено было къ устройству новой Гинекологической Клиники, то естественнымъ казалось пообождать со 2-мъ изданіемъ, дабы пополнить многіе пробѣлы и, главнымъ образомъ, пополнить хирургическій отдѣлъ въ личной опытности, что и было мною исполнено, благодаря моимъ работамъ въ учрежденномъ мною Гинекологическомъ отдѣленіи Басманной больницы, Старо-Екатерининской больницѣ, Ново-Екатерининской больницѣ, Алексинской Земской больницѣ и Гинекологической Клиникѣ Императорскаго Московскаго Университета.